Au nombre de 8, les départements ont pour tâche première l’organisation et la supervision de l’enseignement et de la recherche. Chaque département est composé de plusieurs spécialités qui correspondent, au niveau du CHU, à un ou plusieurs services.
| Départements de Médecine Interne A | Départements de Médecine Interne B | Départements de Chirurgie A | Départements de Chirurgie B |
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| Le chef de département: Pr Ag. Wissem Hachfi | Le chef de département: Pr. Ahmed Abdelghani | Le chef de département: Pr. Ali Ben Ali | Le chef de département: Pr. Ag. Khalil Tarmiz |
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Les spécialités relevant de département:
 DermatologieEndocrinologieHématologie cliniqueMaladies infectieusesMédecine interneNéphrologieRadiologieRéanimation médicale |
Les spécialités relevant de département:
CardiologieGastro-entérologieMédecine physiqueNeurologiePneumologieRadiothérapieRhumatologie |
Les spécialités relevant de département:
Chirurgie Cardio-Vasculaire et thoraciqueChirurgie généraleChirurgie pédiatriqueChirurgie plastique et réparatriceOrthopédieUrologie |
Les spécialités relevant de département:
Chirurgie maxillo-faciale et stomatologieNeurochirurgieOphtalmologieO.R.L. |
| Départements de Sciences de base A | Départements de Sciences de Base B | Départements de Santé Communautaire A | Départements de Santé Communautaire B |
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| Le chef de département: Pr. Soumaya Mougou | Le chef de département: Pr Ag. Neila Hannechi | Le chef de département: Pr. Mohamed Bibi | Le chef de département: Pr. Thouraya Ajmi |
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Les spécialités relevant de département:
AnatomieAnglaisBiochimieBiophysiqueHistologiePhysiologie |
Les spécialités relevant de département:
Anatomie pathologique Bactériologie-VirologieImmunologieParasitologiePharmacologieHématologie Biologique |
Les spécialités relevant de département:
Gynécologie-obstétriquePédiatrieNéonatologieGénétique |
Les spécialités relevant de département:
Médecine de travailMédecine légaleMédecine préventive et socialePsychiatriePédopsychatrieUrgences |