Au nombre de 8, les départements ont pour tâche première l’organisation et la supervision de l’enseignement et de la recherche. Chaque département est composé de plusieurs spécialités qui correspondent, au niveau du CHU, à un ou plusieurs services.
| Départements de Médecine Interne A | Départements de Médecine Interne B | Départements de Chirurgie A | Départements de Chirurgie B |
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| Le chef de département: Pr Ag. Yosra Guedri-Souani | Le chef de département: Pr. Makram Hochlef | Le chef de département: Pr. Sofiene Jerbi | Le chef de département: Pr Nidhal Mahdhi |
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Les spécialités relevant du département:
 DermatologieEndocrinologieHématologie cliniqueMaladies infectieusesMédecine interneNéphrologieRadiologieRéanimation médicale |
Les spécialités relevant du département:
CardiologieGastro-entérologieMédecine physiqueNeurologiePneumologieRadiothérapieRhumatologie |
Les spécialités relevant du département:
Chirurgie Cardio-Vasculaire et thoraciqueChirurgie généraleChirurgie pédiatriqueOrthopédieUrologie |
Les spécialités relevant du département:
Anesthésie - RéanimationChirurgie maxillo-faciale et stomatologieNeurochirurgieOphtalmologieO.R.L.Chirurgie Plastique et Réparatrice |
| Départements de Sciences de base A | Départements de Sciences de Base B | Départements de Santé Communautaire A | Départements de Santé Communautaire B |
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| Le chef de département: Pr. Soumaya Mougou | Le chef de département: Pr. Ag. Neila Fathallah | Le chef de département: Pr. Jaleleddine Chemli | Le chef de département: Pr. Olfa El Maalel |
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Les spécialités relevant du département:
AnatomieAnglaisBiochimieBiophysiqueHistologiePhysiologie |
Les spécialités relevant du département:
Anatomie pathologique Bactériologie-VirologieImmunologieParasitologiePharmacologieHématologie Biologique |
Les spécialités relevant du département:
Gynécologie-obstétriquePédiatrieNéonatologieGénétique |
Les spécialités relevant du département:
Médecine de travailMédecine légaleMédecine préventive et socialePsychiatriePédopsychatrieUrgences |